L’Agence Nationale des Bassins Hydrographiques (ANABH) est administrée et dirigée par deux organes d’administration et de gestion : le Conseil d’Administration et la Direction Générale. Pour assurer sa présence et son action au niveau des bassins hydrographiques, la Direction Générale s’appuie sur trois (03) antennes régionales que sont : l’Agence de l’Eau du Liptako-Gourma ; l’Agence de l’Eau du Nakanbé et l’Agence de l’Eau du Mouhoun-Comoé.

Le Conseil d’Administration (CA) 

Le Conseil d’Administration (CA) est l’organe de décision et d’orientation de l’Agence Nationale des Bassins Hydrographiques (ANABH). Il est composé de membres administrateurs et de membres observateurs. Le nombre des membres administrateurs est fixé à neuf (09) au plus, parmi lesquels figurent des représentants de l’État. Le Conseil d’Administration est présidé par le Camarade Seydou SANA.
Il veille au bon fonctionnement de l’Agence et assure l’orientation et le suivi de sa gestion. À ce titre, il examine et adopte notamment le programme d’activités, le budget, les plans et programmes de l’ANABH, ainsi que les rapports d’activités et de gestion et les comptes de l’Agence. Il statue également sur les principales opérations financières, patrimoniales et immobilières et sur toute question relevant de ses attributions.
Le Conseil d’Administration tient deux (02) sessions ordinaires par an et peut se réunir en session extraordinaire chaque fois que de besoin.
À travers ses délibérations, il donne les orientations nécessaires à la conduite des activités de l’ANABH et assure le suivi de leur mise en œuvre par la Direction Générale.

La Direction Générale (DG) 

La Direction Générale, dirigée par le Camarade Boukaré SABO, Directeur Général, assure la gestion et la conduite opérationnelle de l’ANABH. Elle met en œuvre les orientations et décisions du Conseil d’Administration, coordonne les activités des services et des antennes régionales, assure l’exécution du programme d’activités et du budget et veille au suivi pour l’atteinte des résultats de l’Agence.

Les antennes régionales 

Les trois (03) antennes régionales constituent les relais opérationnels de l’ANABH au niveau des bassins hydrographiques. Elles assurent la présence de l’Agence sur le terrain et contribuent à la mise en œuvre de ses activités, au suivi des ressources et des usages de l’eau, à la coordination des acteurs, ainsi qu’à la collecte et à la remontée des informations nécessaires au pilotage des interventions vers la Direction Générale.